북한에서는 이미 해방 전에 기독교, 천주교 등이 남한지역보다 먼저 전파되어 전통 종교인 불교, 천도교 등과 함께 주민 생활 속에 자리 잡았다. 그러나 분단 후 북한은 반종교정책을 강력히 추진하였다. 이로 인해 북한에서의 종교는 유일사상체계? 안에서 극히 제한적으로 인정되었다. 그 결과 분단 후 10년 쯤 흐른 1955년경에는 북한에서 모든 종교단체와 종교의식이 사라졌거나 지하화 되었고, 1960년대에 이르러 종교 자체가 모습을 감추게 되었다. 그러던 중 1970년대 이후 남북대화가 시작되면서 북한 내에도 종교 활동의 자유가 있는 것처럼 보이기 위해 그간 유명무실한 단체에 불과했던 이른바 ‘조선그리스도교연맹?’, ‘조선불교도연맹?’, ‘조선천도교회 중앙지도위원회’ 등의 활동을 재개시켰다.

이 단체는 현재 중앙위원회에 위원장과 부위원장, 서기장, 사무위원 등의 직책을 두고 있다. 그 산하 부서로서 국제부, 조직부, 종교부, 평양시위원회 등이 조직되어 있다. 1988년 장충성당과 봉수교회를 건립하였고, 1992년에는 칠골교회를 신축하였으며 2006년에는 러시아정교회 정백사원을 완공하였다.

종교인 양성을 위한 교육과정도 실시하고 있는데 1989년 김일성종합대학?에 종교학부를 개설했으며, 1995년에 중단되었던 평양신학원을 2000년 9월 개원하고 목회자 양성교육을 하고 있다. 북한에는 앞서 언급한 2개의 교회와 500여 개의 가정교회, 교역자 300여 명과 신도 1만 3천여 명이 있는 것으로 알려졌으나, 세부 내역은 정확하지 않다.

한국 기독교계와 북한 그리스도교연맹 간에는 1990년대 이후부터 접촉이 비교적 활발한 편이다. 특히 대북 구호 지원을 계기로 양측 단체 간 접촉이 빈번해지면서 남북한 공동예배, 공동기도문 교환 등의 방법으로 교류활동을 전개해 온 바 있다. 남한 기독교계로서는 교파 간 접촉과 북한선교 목적에서 대북교류를 추진하고 있지만, 북측에서는 대외 정치선전과 지원 획득의 동기에서 출발하고 있어 진정한 교류 접점을 찾지 못하는 실정이다.